潔凈室設計時，針對不用的潔凈等級和溫濕度要求，設計人員要計算凈化空調負荷來進行凈化機組的選型。這里的空調負荷一般包括夏季冷負荷與冬季熱負荷。有人認為潔凈室的空調負荷計算方法與一般空調負荷的計算方法相同，其實，是有許多區(qū)別的。

       許多設計參考材料中推薦的負荷估算指標，在工程實踐中發(fā)現(xiàn)，這些估算指標比實際負荷是大很多的。 對于一些沒有經驗的設計人員，也許會受到估算指標的影響而不相信自己的計算數據，進而加大安全閾值量，或者干脆套用估算指標，這是非常不利的。 許多制藥企業(yè)，他們的潔凈室設計依照GMP規(guī)范嚴謹建造的，但常常感嘆凈化空調系統(tǒng)能耗太大了，難道是凈化空調系統(tǒng)的錯誤嗎？有學者發(fā)現(xiàn)，潔凈空調系統(tǒng)無論是冷負荷還是送風量都是層層加碼，導致機組、水泵、風機等容量偏大很多，有不少空調用戶在最熱月，實際用冷量是設計冷量的1/2 ~ 3/5 。凈化空調比一般空調的能耗大是肯定的，但應大的有依據。當前，對凈化空調的節(jié)能設計迫在眉睫。

       若是一股腦地把設計參考材料指標作為估算冷負荷的統(tǒng)計源，其數據必然大很多。所以，有經驗的設計人員應相信自己的計箅，回訪自己的用戶，獲得真實的冷負荷指標。對于各種書籍中相互復制的冷負荷估算指標，應該科學地理性對待，在工程設計初期估算造價時，可以參考，在施工深化階段，應采用計算出的空調負荷選擇凈化機組設備。 目前有許多負荷計算的軟件，使計算變得相對容易，在應用軟件或手工計算負荷時，設計人員應了解凈化空調與一般空調負荷計算的不同點，在計算潔凈室負荷時應把圍護結構的參數做一調整。

      潔凈室的圍護結構與一般空調的不同，它是在房子中套房子，外層房子就是土建結構，套入內層的房子是用符合潔凈室裝修要求的裝修材料建造的，這種裝修材料有快立墻板、輕鋼加人造板、輕鋼加經噴涂的電解鋼板、還有彩鋼夾心復合板等。這種兩層圍護結構建造成的潔凈室，其建筑負荷很小，當內層材料的保溫性能好時（如彩鋼夾芯板），不透明圍護結構引起的冷負荷可按穩(wěn)態(tài)傳熱計算（特別適合于手算），在一些特殊情況下甚至可以忽略不計。